新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了

　　某日，地球轨道上出现了未知的巨大卫星，国际防卫队的卫星刚想作威吓性的射击，却遭到不明红光的攻击而被摧毁。到红光坠落现场，调查原因的威那队队员健一·凯伊陷入不明发光空间，与M78星云人相遇。被告之：